یوسف مجتهد - به جرأت می‌توان گفت کمیسیون پزشکی بنیاد شهید و امور ایثارگران مهم‌ترین و حساس‌ترین واحد بنیاد است. چرا که مدخل ورودی برای به رسمیت شناختن جانبازی و تعیین درصد جانبازان و آزادگان است.
البته حسب قانون این تنها وظیفه کمیسیون پزشکی نیست. تعیین ازکارافتادگی جانبازان و آزادگان، تعیین میزان حق پرستاری، تشخیص تناسب مشاغل با وضعیت جسمی و روحی، تشخیص عدم توانایی جانبازان برای انجام کار تمام‌وقت، تعیین میزان مراقبت و نگهداری از جانبازان برای شاغلان دستگاه‌ها، تشخیص شهادت جانبازان متوفی، تایید مرخصی استعلاجی جانبازان، تایید جانبازی رزمندگان فاقد مدارک، اعلام نظر درباره پست سازمانی همطراز جانبازان، ورود به میزان کسر ساعت جانبازان و اعلام نظر، تشخیص مصدومین شیمیایی و پایش سلامت جانبازان شیمیایی از جمله وظایفی است که حسب قوانین و مقررات برعهده کمیسیون پزشکی بنیاد گذاشته شده است.
کمیسیون پزشکی به‌عنوان مهم‌ترین واحد بنیاد، نقش تعیین‌کننده‌ای در افزایش یا کاهش هزینه‌های بنیاد داشته و در تعیین بودجه سنواتی بنیاد مؤثرترین واحد است. به همین علت است که همواره مدیران عالی بنیاد سعی دارند به‌نوعی بر این واحد مؤثر مدیریت کرده و به هر نحو ممکن از به‌هم‌ریختگی و اعمال سلیقه در آن جلوگیری کنند؛ حتی اگر لازم باشد خود با اعمال سلیقه و مدیریت، آن‌را در انجام وظایف محدود کنند. تصمیم‌های کمیسیون پزشکی علاوه بر تحمیل بودجه‌های سنگین بر سایر واحدهای بنیاد، خود نیز از مجموعه‌های پرهزینه بنیاد است که شاید انگیزه استمرار تعیین درصد، ازکارافتادگی و تکرار این امور خوشایند متولیان آن است و تمایل زیادی دارند تا به تکرار کمیسیون‌ها اقدام کنند.
با وجود اهمیت کمیسیون پزشکی و تأثیر اساسی آن در ساختار، سازوکار، بودجه و سایر موضوعات بنیاد، نباید از یک نکته غافل شد که کمیسیون پزشکی فقط وظیفه تشخیصی دارد و حق ورود به سایر وظایف تخصصی واحدها را ندارد. به عبارتی منطبق با آیین‌نامه‌ها و استانداردهای پزشکی تشخیص خود را می‌دهد و به قبل و بعد و تأثیر این تشخیص ورود نمی‌کند. ریاست وقت بنیاد در سال 18 وقتی دخالت کمیسیون را طی نامه رسمی برای رسیدگی به احراز مشاهده کرد، صراحتا دستور داد: «احراز جانبازی مربوط به کمیسیون پزشکی نیست. تشخیص اصل جانبازی فرد مربوط به معاونت تعاون سازمان است، ندا موضوع باید به آن معاونت ارجاع شود. تشخیص و ابلاغ آن معاونت، ملاک بررسی در کمیسیون پزشکی می‌تواند باشد ولاغیر.»
اگر کمیسیون پزشکی به دنبال ورود به سیاستگذاری‌های معیشتی بنیاد باشد باید احساس خطر کرد و آن‌را انحراف از مسیر دانست. این انحراف می‌تواند به ضرر ایثارگران یا به ضرر بنیاد تمام شود؛ به این معنی که یا حقوقی را از ایثارگران تضییع کند یا منافعی را به‌ناحق برای عده‌ای ایجاد کند و موجب انحراف بودجه بنیاد شود.
در سال88 گزارشی به ریاست بنیاد تقدیم می‌شود مبنی بر اینکه درصد برخی جانبازان به‌ویژه جانبازان کارمند بنیاد به صفر کاهش پیدا کرده و آنان به هیات تخلفات اداری معرفی شدند.