عناصر سازمان منافقین بعد از فرار از ایران، به سمت رژیم بعث عراق سوق پیدا کردند و در راستای همسوئی با آنها تلاش کردند. این نیرو‌ها بلافاصله بعد از ورود به عراق نیز در برنامه‌های مشخص با رژیم بعث به توافقاتی در خصوص براندازی نظام جهوری ایران رسیدند. آنها پایگاه‌های نظامی خود را در عراق برپا کردند. منافقین در بخش‌های مختلف با رژیم بعث فعالیت کردند، از جمله این اقدام‌ها می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
حضور در اردوگاه‌های بعثی
در برخی از اردوگاه‌ها، منافقین در محل نگهداری اسرای ایرانی مستقر شدند. آنها از نظر امکانات از سوی عراق تامین می‌شدند. در مقابل منافقین همکاری‌های گسترده‌ای در زمینه نگهبانی، اجرای فعالیت‌های ضد فرهنگی و ... با نیروهای بعثی داشتند.
جعل نامه اسرا
تنها مسیری که اسرا می‌توانستند از خانواده‌هایشان و وقایع در حال وقوع در ایران با خبر شوند، از طریق نامه بود. منافقین مسئولیت سانسور نامه‌ها و شناسایی اسرا را به عهده گرفتند. آنها مانع انتشار اخبار مهم از داخل ایران به اردوگاه‌ها می‌شدند و همچنین برای ایجاد تنش و فشار روحی اخبار دروغین را وارد آسایشگاه‌ها می‌کردند. منافقین از طرف خانواده اسرا نامه‌های دروغین می‌نوشتند و به اسیران در بند می‌دادند. زمانی که یک اسیر دچار مشکلات روحی و روانی می‌شد، پیشنهاد پناهندگی می‌دادند.
دعوت اسرای ایرانی به پناهندگی
از آنجایی که نیروهای عراقی در دوران اسارت پناهنده شدند، عراق نیز تلاش کرد تا اسرای ایرانی پناهندگی را بپذیرند. در ابتدا رژیم بعث وعده‌هایی همچون قبیل آزادی، رهایی از اردوگاه و زندگی در عراق با امکانات رفاهی و ... را به اسرا دادند، اما اسرا با آنها همکاری نکردند. وقتی عراقی‌ها تیرشان در جذب پناهنده به سنگ خورد، دست به دامن منافقین شدند.
سخنرانی در جمع اسرا
سرکرده‌های منافقین، نیروهایشان را برای سخنرانی به اردوگاه‌ها می‌فرستادند. آنها با حربه‌های مختلف درصدد مایوس کردن اسرا بودند. همچنین آینده نظام جمهوری اسلامی را شکست خورده نشان می‌دادند. منافقین تمام این اعمال روانی را بر روی اسرا انجام می‌دادند تا بتوانند حداکثر استفاده از فشار بعث بر روی اسرا ببرند.
از آنجایی که منافقین نیروهایشان را در عملیات مختلف از دست داده بودند، به نیروهای جدید نیاز داشتند. از این رو تبلیغات مختلفی در اردوگاه‌ها انجام می‌دادند. برای نخستین بار، در مرداد ۶۸ منافقین در راستای اهداف خود تبلیغات کردند.
برخی از اسرا با اطلاع از چهره واقعی منافقین، دیگر اسرا را آگاه کردند تا فریب این گروه را نخورند. کسانی که مقابل منافقین می‌ایستادند به بدترین شکنجه‌ها محکوم می‌شدند.