مصطفی اردستانی در سال ۱۳۲۸ درروستای قاسم آباد از توابع شهرستان ورامین دیده به جهان گشود. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در شهرستان ورامین گذراند و پس از اخذ دیپلم درسال ۱۳۴۸، به خدمت سربازی اعزام شد. او خدمت سربازی را به عنوان سپاه دانش دریکی از روستاهای اسفراین انجام داد و پس از انجام خدمت سربازی، در سال ۱۳۵۰ وارد دانشکده خلبانی نیروی هوایی شد و با گذراندن مقدمات آموزش پرواز در ایران برای تکمیل دوره خلبانی به کشور آمریکا اعزام شد. اردستانی پس از دریافت دانشنامه خلبانی به کشور آمریکا اعزام شد.
اردستانی پس از دریافت دانشنامه خلبانی به ایران بازگشت و با درجه ستوان دومی در پایگاه چهارم شکاری دزفول به عنوان خلبان هواپیمای "اف -۵" مشغول خدمت شد. با اوج گیری انقلاب شکوهمند اسلامی و حتی قبل از آن جزو نخستین خلبانانی بود که در به ثمر رسیدن انقلاب اسلامی و آگاه کردن کارکنان نیروی هوایی نقش بسزایی داشت.
مصطفی اردستانی پس از انقلاب با جمعی از همکارانش اقدام به انتشار یک نشریه درون گروهی به نام "مخلصین" کرد که حاوی مطالب اعتقادی و فرهنگی بود و با وجود شمارگان محدود بسیار جالب توجه و در آگاه سازی کارکنان موثر بود. او در سال ۱۳۵۹ به عنوان افسر خلبان شکاری در پایگاه شکاری تبریز مشغول به خدمت بود که جنگ تحمیلی عراق علیه ایران آغاز شد. با وجود اینکه اردستانی در روز حمله هوایی دشمن به خاک مهین اسلامی در مرخصی به سر می‌برد، خیلی سریع خود را به پایگاه مربوطه رساند و از روز بعد، پروازهای جنگی خود را شروع کرد.
وی در سال ۱۳۶۰ به عنوان فرمانده پایگاه پنجم شکاری در امیدیه انتخاب و در این پایگاه مشغول خدمت شد. او علاوه بر مسئولیت فرماندهی خود نیز در پروازهای جنگی شرکت می‌کرد و نسبت به خدمات جانبی از جمله رسیدگی به امکانات زیستی و فضای سبز و. پایگاه نیز توجه ویژه داشت.
اردستانی در سال ۱۳۶۳ به سمت معاون عملیاتی پایگاه دوم شکاری منصوب شد و پس از سه سال انجام وظیفه دراین مسئولیت، در سال ۱۳۶۶ به عنوان مدیر آموزش عملیات نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب شد. او پس از شهادت سرلشکر خلبان عباس بابایی که معاونت عملیات نیروی هوایی را عهده دار بود به این سمت – معاونت عملیات نیروی هوایی – برگزیده شد و تا زمان شهادت عهده دار این مسئولیت مهم بود. شهید سرلشکر خلبان مصطفی اردستانی در طول جنگ تحمیلی همواره داوطلب مأموریت‌های مشکل بود و بارها اتفاق می‌افتاد که در یک روز هفت بار به خاک دشمن حمله می‌برد.
بدون شک او با انجام ۴۰۰ سورتی پرواز برون مرزی بر فراز خاک دشمن و ۱۷۲۴ ساعت پروازهای مختلف در خاک مهین اسلامی، یکی از قهرمانان جنگ به حساب می‌آید که چندین بار تا مرز شهادت پیش رفت و سرانجام در تاریخ پانزدهم دی ماه ۱۳۷۳ بر اثر سانحه هوایی به همراه فرمانده فقید نیروی هوایی سرلشکر شهید منصور ستاری و چند تن دیگر از همرزمانش به آرزوی دیرینه‌اش رسید و به لقاء معبود شتافت.
یکی از اصلی‌ترین مؤلفه‌های لازم برای نبوغ نظامی، داشتن جرأت، شجاعت و جسارت است که این فرمانده دلیر ارتش اسلام از آن برخوردار بود. سرتیپ خلبان "حبیب بقایی" – فرمانده سابق نیروی هوایی ارتش- می‌گوید:" (اردستانی) به حدی جسور و شجاع بود که غیر از خدا از هیچ چیز هراس نداشت. تمام مأموریت‌های سخت و کم نظیر را حملات پی در پی به پایگاه‌های شمال و شرق عراق و مناطق حساس و حیاتی انجام می‌داد. در انجام مأموریت‌ها هیچ کس به پای او نمی‌رسید. در عملیات‌ها همیشه پرچمدار و در صف مقدم بود و به سایرین نیز روحیه می‌داد و از هر چه در توان داشت دریغ نمی‌کرد. حتی بعضی از روزها پنج بار مواضع دشمن را مورد هدف قرار می‌داد. " سرتیپ خلبان "محمد تقی جدیدی" نیز می‌گوید:" شهید اردستانی همواره می‌گفت من وظیفه دارم پیشاپیش سایرین حرکت کنم تا مشکلاتشان را دریابم". همچنین سرتیپ علی غلامی نیز ضمن بیان خاطره‌ای از این شهید والامقام چنین می‌گوید" یک هفته‌ای از انجام عملیات والفجر ۸ گذشته بود که هوا متلاطم شده و ابری سیاه رنگ همه جا را پوشانده و باران همه منطقه را زیر شلاق خود گرفته بود. در ساعت هشت صبح نیروهای عراقی ضد حمله‌ای را آغاز کردند و حدود ساعت ۱۰:۳۰ صبح بود که خبر رسید نیروهای دشمن در میانه سد دفاعی ما رخنه کرده و توانسته‌اند از نقطه‌ای نفوذ کنند. وضعیت بسیار خطرناکی برای نیروهای خودی در خط مقدم ایجاد شده بود و مسئولانی که در قرارگاه زمینی – قرارگاه شهید همت- بودند با اصرار زیادی درخواست می‌کردند که نیروی هوایی بفرستد و نوک حمله آن‌ها را بکوبد. در آن زمان من به اتفاق شهید بابایی و شهید اردستانی در قرارگاه رعد- پایگاه امیدیه- بودیم. شهید بابایی که مسئولیت عملیات نیرو را عهده دار بود در مقابل پافشاری مسئولان قرارگاه می‌گفت که در این شرایط بد جوی، به هیچ وجه چنین امری ممکن نیست و احتمال اینکه هواپیما در این شرایط جوی سانحه ببیند خیلی زیاد است. نمی‌توانیم چنین خطری را بپذیریم.
شهید اردستانی که شاهد مکالمه بود آمادگی‌اش را برای انجام این ماموریت اعلام کرد، ولی شهید بابایی مخالفت می‌ورزید... به هر حال شهید بابایی به رغم اینکه موافق نبود، چون اصرار مسئولان بیش از اندازه بود اذن ماموریت را به شهید اردستانی داد. "
در این ماموریت اردستانی موفق می‌شود که با شجاعت و جسارت تمام و به تنهایی منطقه مورد نظر را بمباران کند و به پایگاه بازگردد. درواقع شهید اردستانی با شجاعت، جسارت، قدرت درونی و ایمانی خود در بدترین شرایط رزمی و در حالی که یکان رزمی در حال هزیمت و فروپاشی بود روحیه نبرد را در افراد زنده کرده و پلی برای دستیابی به موفقیت می‌شود.
یکی از ابتکار عمل‌های شهید اردستانی در حملات هوایی که ناشی از نبوغ نظامی اوست، ابداع تاکتیک جدید جنگی است بر اساس آموزش‌هایی که شهید اردستانی و همرزمانش از فرماندهان آموزشی خود دیده بودند، بمباران از ارتفاع بالا، با نوع خاصی از بمب بود که برای این ارتفاع مناسب بوده است؛ یعنی ابتدا باید اوج می‌گرفتند و سپس برای انهدام هدف اقدام می‌کردند.
این تاکتیک باعث می‌شده که به وضوح دردید رادارهای زمینی دشمن قرار بگیرند و هواپیماهای آنان، طعمه خوبی برای موشک‌های "سام ۶" عراق باشند. بر سر این موضوع و حوادث ناگواری که اتفاق می‌افتد، بین خلبانان بحث و بررسی صورت می‌گیرد و سرانجام شهید اردستانی که فرماندهی گروهی از خلبانان را در عملیات‌های مختلف برعهده داشت تاکتیک جدیدی به افراد آموزش دیده و اجرا می‌کند؛ به این صورت که خلبانان در حملات خود برای دور ماندن از تیررس موشک‌های سام ۶ عراق که برد زیادی داشته و هواپیماها را در ارتفاع بالا به راحتی مورد هدف قرار می‌دادند، ارتفاع پایین را انتخاب می‌کنند تا در برد رادار دشمن قرار نگیرند. همچنین در رمضان سال ۱۳۶۵، ماموریتی برای بمباران سد و نیروگاه برق استان "دوکان" عراق از سوی ستاد نیرو به اردستانی و همرزمانش ابلاغ می‌شود که نوع بمباران در این مأموریت، مختص هواپیمای " اف- ۴" بوده است؛ زیرا باید از روش لاوبمبینگ- بمباران از ارتفاع پایین- استفاده می‌کرده‌اند؛ در صورتی که شهید اردستانی و همرزمانش دارای هواپیمای "اف -۵" بوده‌اند و استفاده از این روش، در کتاب راهنمای این هواپیما ذکر نشده بود. سرتیپ خلبان " محمد تقی جدیدی" در این زمینه خاطره‌ای بیان می‌کند:" شهید اردستانی با اینکه مسئولیت مهمی را در عملیات نیرو عهده دار بود خود را به پایگاه تبریز رساند تا در این عملیات ویژه شرکت کند. در واقع روش "لاوبمبینگ" با هواپیمای "اف -۵" روشی غیر مجاز بود که شهید اردستانی به دلیل پایین بودن درصد خطر، آن را به کار گرفت. با به کارگیری این روش موفقیت‌های بسیاری حاصل شده و بدین شکل افتخارات بس بزرگی به کارنامه زرین هشت سال دفاع مقدس ملت شریف ایران افزوده شد.
در حمله به پادگان "چومان" عراق درتاریخ بیست و دوم آبان ماه ۱۳۵۹ که اردستانی فرماندهی این عملیات را بر عهده داشت، با توجه به اینکه این پادگان از نظر جغرافیایی درموقعیت خاصی بوده یعنی در جایی قرار داشته که به راحتی امکان دسترسی و حمله به آن نبوده، اردستانی به چاره اندیشی در خصوص آن می‌پردازد. او قبل از همه چیز به سراغ یکی از افرادی که پیش از این پادگان را با چشم خود دیده بود و آشنایی کاملی به منطقه داشته است می‌رود وبا او صحبت می‌کند؛ سپس از پیرانشهر با تلفن مختصات دقیق آن را سوال می‌کند و تاکتیک حمله را به گونه‌ای خاص طرح ریزی می‌کند. ایشان در خاطراتش می‌گوید: "تاکتیک حمله طوری بود که باید تا فاصله‌ای به عمق خاک دشمن نفوذ می‌کردیم و سپس با گردشی سریع از پست سر به آنان حمله می‌بردیم. این نوع تاکتیک باعث می‌شد تا عملیات در غافلگیری کامل دشمن انجام شود و، چون از سمت مخالف به طرف آنان می‌رفتیم نوعی گمراهی برایشان در بر داشت و تا می‌خواستند بفهمند هواپیمای خودی است یا دشمن ما کار خودمان را انجام داده و بر می‌گشتیم"؛ سپس اردستانی و همرزمانش با موفقیت کامل و طبق نقشه که همه ناشی از نبوغ نظامی و ابتکار عمل چنین فرماندهی است تانک‌های مستقر در پادگان چومان را بمباران و منهدم کرده به پایگاه خود باز می‌گردند.
در ادامه به ذکر خاطره‌ای ازخود شهید اردستانی می‌پردازیم.
این شهید بزرگوار در عملیات والفجر ۸ فرمانده دسته پروازی برای پشتیبانی از نیروهای عمل کننده بوده و در روزهای سوم چهارم عملیات که نیروهای عراقی پیشروی نیروهای ایران را سد کرده بودند، نزد سردار رحیم صفوی – فرمانده وقت نیروی زمینی سپاه پاسداران – می‌رود و طرحی را برای بمباران و انهدام نیروهای دشمن ارائه می‌دهد. پس از موافقت با این طرح، شهید اردستانی فرماندهی دسته پروازی را بر عهده گرفته و مأموریت خود را با موفقیت کامل به انجام می‌رساند. او در خاطراتش می‌گوید:" با سرعت زیاد از اروند رود عبور کردم، ناگهان در عمق ده کیلومتری خاک عراق موشکی به هواپیمایم چنگ کشید و باک مرکزی هواپیما کنده شد و به سر بال هواپیما چسبید. فکر نمی‌کنم تا الان چنین حادثه‌ای اتفاق افتاده باشد. با دیدن این حالت شروع کردم به خواندن آیه "وَجَعَلنا مِن بین ایدیهِم ... " و از خدا و اهل بیت (ع) کمک خواستم و بمب‌های خود را رها کردم. در این فکر بودم که بیرون بپرم یا نه، هواپیما از کنترل (من) خارج شده بود. در همین افکار دست و پا می‌زدم که ناگهبان حس کردم هواپیما در کنترل من است".
در این موارد که ذکر شد، شهید اردستانی با ابتکار عمل ونبوغ نظامی خود از متوقف شدن عملیات‌های خلبانان کشور جلوگیری و زمینه‌های ضربه زدن به دشمن را با تغییر تاکتیک فراهم می‌کند. درواقع با توجه به اینکه برتری تاکتیکی، تابعی از توانمندی در نوآوری و پاسخی سریع، هوشمندانه و خلاقانه به نیازها است شهید اردستانی با خلاقیت و ابتکار عمل خود، موفقیت را برای خود و همرزمانش به ارمغان می‌آورد. نگاهی به گذشته و حال نیز نشان می‌دهد که خلاقیت اکسیری است که کیمیاگران عصر حاضر به مدد آن آینده را خلق و پایایی و پویایی خوش را تضمین می‌کنند. به بیان دیگر می‌توان گفت که خصیصه ابتکار عمل و نبوغ نظامی در هر فرمانده، قهرمانان را از ترسوها، حرفه‌ای‌های موفق را از ناموفق‌ها و فرماندهان کامیاب را از فرماندهان سرگردان متمایز می‌سازد و اثر شگرفی بر کارایی فرمانده و افراد تحت امرش دارد.
شهید اردستانی به همراه شهید ستاری و سایر همرزمان فداکارش در حادثه سقوط هواپیمای نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران در روز پانزدهم دی ماه ۱۳۷۳ به درجه رفیع شهادت نایل آمد. یادش گرامی و راهش پررهرو باد.